Rolnictwo będąc jednym z głównych konsumentów wody uznawane jest także za jedno z głównych źródeł jej zanieczyszczenia. Niewłaściwa gospodarka nawozowa (w tym niewłaściwe przechowywanie i stosowanie nawozów mineralnych oraz naturalnych: obornika, gnojówki, gnojowicy, pomiotu ptasiego) może dostarczać do wód znaczne ilości biogenów, głownie fosforu i azotu. Skutkiem nadmiernej emisji azotu do wód może być m. in. zmniejszenie możliwości wykorzystania akwenów do zaopatrywania ludności w wodę do picia oraz eutrofizacja ekosystemów.
Jednym z podstawowych kryteriów oceny przydatności wody do picia jest zawartość w niej azotanów. Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Zdrowia z dnia 7 grudnia 2017 r. w sprawie jakości wody przeznaczonej do spożycia przez ludzi najwyższe dopuszczalne stężenie azotanów w wodzie pitnej wynosi 50 mg w 1 litrze wody (Dz. U. z 2017 r. poz. 2294). Przekroczenie tej wartości świadczy o zanieczyszczeniu wody. Nadmierna zawartość azotanów w wodzie pitnej stanowi bezpośrednie zagrożenie dla zdrowia ludzi i zwierząt, a w wodach powierzchniowych również zagrożenie dla równowagi życia biologicznego.
W warunkach nadmiernego nagromadzenia się składników biogennych w wodach powierzchniowych dochodzi do ich eutrofizacji. Następuje zmniejszenie bioróżnorodności ekosystemów wodnych, aż do ich całkowitego obumierania. Wody eutroficzne tracą także swoje walory użytkowe i rekreacyjne. W rezultacie eutrofizacji następuje degradacja wód, a także ulega poważnemu ograniczeniu możliwość ich wykorzystania do celów bytowych, gospodarczych i rekreacyjnych. Zbyt duże stężenie azotu w wodach podziemnych, spowodowane wymyciem azotanów, czyni je nieprzydatnymi do spożywania przez ludzi i zwierzęta.
W celu ochrony i poprawy jakości wód poszczególne kraje członkowskie Unii Europejskiej wprowadziły na swoich terytoriach zharmonizowane przepisy „prawa wodnego” oraz przyjęto Dyrektywę Rady 91/676/EWG tzw. dyrektywę azotanową, której celem jest zmniejszenie zanieczyszczenia wód spowodowanego lub wywołanego przez azotany pochodzące ze źródeł rolniczych oraz zapobieganie dalszemu zanieczyszczeniu wód.
Zgodnie z zapisami tej dyrektywy państwa członkowskie UE mają do wyboru dwa sposoby wdrażania jej postanowień. Wariant pierwszy polega na sporządzeniu wykazu wód zanieczyszczonych lub zagrożonych zanieczyszczeniem w przypadku niepodjęcia środków zaradczych oraz ustanowienia wykazu obszarów szczególnie narażonych na zanieczyszczenie związkami azotu ze źródeł rolniczych (OSN), a następnie przygotowaniu i wdrożeniu programów działań na wyznaczonych OSN. Natomiast wariant drugi to podejście polegające na ustanowieniu i wdrożeniu Programu na terenie całego kraju, w którym państwo członkowskie jest zwolnione z obowiązku wyznaczania wód wrażliwych i OSN.
W Polsce od 2004 roku realizowany był pierwszy wariant wdrażania postanowień dyrektywy azotanowej. Bezpośrednią delegację prawną dla realizacji zadań przewidzianych w dyrektywie azotanowej zawarto w obowiązującej od 1 stycznia 2002 roku ustawie Prawo wodne. Określenie wód wrażliwych oraz obszarów szczególnie narażonych, jak również wprowadzenie programów działań następowało w drodze aktów prawa miejscowego, tj. rozporządzeń dyrektorów regionalnych zarządów gospodarki wodnej.
W 2017 roku, w wyniku ustaleń kierownictwa resortu środowiska oraz resortu rolnictwa i rozwoju wsi będących następstwem orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie tzw. skargi azotanowej, nastąpiła zmiana podejścia do realizacji dyrektywy azotanowej, polegająca na wdrożeniu Programu na terenie całego kraju bez konieczności wyznaczania OSN. Przepisy dające podstawę do wprowadzenia programu znalazły się w nowej ustawie z dnia 20 lipca 2017 roku – Prawo wodne. Ustawa obliguje wszystkich producentów rolnych w kraju, tj. prowadzących produkcję rolną, w tym działy specjalne produkcji rolnej oraz działalność, w ramach której przechowywane są odchody zwierzęce lub stosowane nawozy – do prowadzenia tej działalności w sposób zapobiegający zanieczyszczaniu wód azotanami pochodzącymi ze źródeł rolniczych i ograniczający takie zanieczyszczenie.