Początków allelopatii można doszukiwać się już w starożytności. Była wówczas stosowana do ochrony zasiewów. Demokryt opisywał doświadczenie, które polegało na niszczeniu drzew poprzez traktowanie ich korzeni mieszaniną kwiatów łubinu namoczonych w soku szaleju jadowitego. Występowanie wzajemnych oddziaływań pomiędzy roślinami zauważył także Teofrast. Stwierdził on, że groch ptasi nie użyźnia gleby wręcz przeciwnie wyczerpuje ją. Pliniusz wskazywał zaś na wpływ sąsiedztwa orzecha na inne gatunki.
Po raz pierwszy pojęcie allelopatii wprowadził do literatury Molisch w 1937 roku. w celu określenia wzajemnych wpływów o charakterze biochemicznym między roślinami, a także mikroorganizmami – zarówno szkodliwych jak i korzystnych. Opublikował wyniki badań dotyczących oddziaływania etylenu, wydzielanego z jabłek na rośliny umieszczone razem z nimi pod kloszem. Książka wspomnianego autora opisującą tę tematykę została zatytułowana: „Wpływ jednej rośliny na drugą. Allelopatia”. Molisch wprowadzając tę nazwę miał na uwadze biochemiczne oddziaływanie pomiędzy dowolnymi typami roślin, włączając w nie także mikroorganizmy.