Nazwa środki ochrony roślin oraz pestycydy w rolnictwie ekologicznym są stosowane zamiennie. Oznaczają one substancje naturalne, w tym żywe organizmy, stosowane do ochrony roślin uprawnych. W rolnictwie ekologicznym stosowanie pestycydów jest dozwolone, jednakże powinny być one używane w przypadku gdy inne metody są niewystarczające. Podstawą ochrony roślin jest szeroko rozumiana profilaktyka, czyli: zmianowanie, dobór gatunków i odmian, termin siewu, agrotechnika, uregulowany odczyn gleby czy odpowiednia zasobność podłoża w składniki pokarmowe. Uprawy powinny być regularnie monitorowane i dopiero w momencie przekroczenia progów szkodliwości wskazane jest zastosowanie środka ochrony roślin. W systemie rolnictwa ekologicznego dozwolone jest stosowanie kolorowych tablic lepowych.
W rolnictwie ekologicznym stosowane środki ochrony roślin służą zwalczaniu chorób i szkodników, chwasty są niszczone wyłącznie metodami mechanicznymi np. bronowanie, motyczenie, bądź fizycznymi np. sprężone powietrze czy stosowanie wypalarek.
Instytucją odpowiedzialną za ocenę oraz potwierdzenie zgodności środków ochrony roślin w zakresie wymagań określonych w przepisach rolnictwa ekologicznego jest IOR – Instytut Ochrony Roślin – Państwowy Instytut Badawczy w Poznaniu. Na stronie instytutu jest zamieszczony wykaz zakwalifikowanych środków ochrony roślin do stosowania w rolnictwie ekologicznym. Spis ten zawiera nazwę handlową środka, rodzaj środka, nazwę producenta oraz numer pozwolenia MRIRW. Na stronie internetowej IOR każdy wyszczególniony pestycyd zawiera również kartę charakterystyki/etykietę ze szczegółową instrukcją stosowania go.
Poniżej w tabeli znajduje się aktualny (grudzień 2021) wykaz dozwolonych do stosowania w systemie rolnictwa ekologicznego środków ochrony roślin. W tabeli została zamieszczona nazwa handlowa środka, rodzaj środka ochrony roślin, nazwa substancji aktywnej oraz możliwe zastosowanie środka. Lista ta zawiera 73 pozycje. Wśród dostępnych do kupienia pestycydów znajdziemy te dedykowane do stosowania w rolnictwie, sadownictwie, warzywnictwie, roślinach ozdobnych czy leśnictwie. Środki te odznaczają się słabszym i powolniejszym działaniem niż pestycydy dozwolone do stosowania w konwencjonalnych gospodarstwach, jednakże cieszy fakt, że rolnicy ekologiczni mają dostępne środki, które pomogą w walce z patogenami.