W dzisiejszych czasach, czasach intensyfikacji rolnictwa zaistniał problem zwiększonego oddziaływania rolnictwa na środowisko przyrodnicze, klimat, a tym samym na zdrowie człowieka. Rolnictwo nie tylko zużywa naturalne zasoby, ale również wprowadza do środowiska substancje, które w naturalnych warunkach nie występują w tak dużych ilościach. Jest to związane z trudnością utrzymania odpowiedniego bilansu składników odżywczych w glebie i stanowi niewątpliwie problemem współczesnego rolnictwa.
Niezrównoważone praktyki rolnicze niejednokrotnie powodują powstawanie zanieczyszczeń gleby, wód i powietrza. Nadmierne stosowanie nawozów oraz nieodpowiednie magazynowanie, czy też nieodpowiednia utylizacja odchodów zwierzęcych, zaburza równowagę głównie azotu i fosforu w przyrodzie. W wyniku nieracjonalnego gospodarowania z jednej strony może dochodzić do pojawiania się deficytu jednego ze składników, co przekłada się na wyjałowienie gleb. Z drugiej strony może nastąpić nadmiar danego składnika, co z kolei może skutkować zanieczyszczeniem utworów glebowych, wody oraz powietrza. Zazwyczaj spotykanym problemem jest występowanie nadmiaru azotu lub fosforu. Ze statystyk wynika, że w obecnych czasach każdy kraj, ma problem z utrzymaniem optymalnego bilansu w tym zakresie. Wyniki wskazują, iż źródła zanieczyszczeń i ich rodzaj są uwarunkowane zarówno od liczby ludności (zanieczyszczenia punktowe) na danym obszarze, jak również od wielkości areału rolniczego w kraju (zanieczyszczenia obszarowe). Dane statystyczne zebrane przez HELCOM wskazują, że 56% N i 49% P zrzucanych do wód powierzchniowych zlewiska Bałtyku pochodzi ze źródeł obszarowych przede wszystkim z rolnictwa.