Ustalenie optymalnego terminu zabiegu środkiem ochrony roślin nie jest łatwe. Konieczna jest tu wiedza odnośnie znajomości występujących na roślinach organizmów szkodliwych, poznania ich morfologii, biologii, objawów uszkodzeń oraz rozwoju w określonych warunkach klimatyczno-siedliskowych.
Przy określaniu rodzaju agrofaga i jego liczebności pomocne są podstawowe narzędzia wspomagające monitoring organizmów szkodliwych. Są to zarówno narzędzia najprostsze tj. lupa, binokular, czerpak entomologiczny, naczynie żółte, tablica barwna klejowa czy pułapka feromonowa, jak i te o zaawansowanej technologii np.: programy komputerowe wspomagania decyzję określenia optymalnego terminu zabiegu czy automatyczne stacja meteorologiczne.
Niezależnie od narzędzi jakie wykorzystujemy przy ustaleniu optymalnego terminu zwalczania agrofagów, konieczna jest lustracja plantacji.
Metoda wizualna pomaga w ustaleniu jaki gatunek patogena lub szkodnika występuje na roślinie i powoduje porażenie lub uszkodzenia. Celem jest identyfikacja objawów chorobowych lub określenie stadiów rozwojowych szkodnika do ustalenia optymalnego terminu wykonania zabiegu. Obserwację wykonuje się poprzez analizę gleby oraz lustracje roślin.
Analizę gleby wykonuje się na obecność np.: drutowców, pędraków czy bobówek fitofagów owadzich. Na polu o wielkości do 1 ha wykonuje się w pięciu losowo wybranych punktach odkrywki glebowe (najlepiej w liniach przekątnych pola) o różnej powierzchni i głębokości z w zależności od monitorowanych gatunków. Najczęściej wykonuje się odkrywki glebowe o wymiarach 25/25 cm na głębokości 30 cm. Na polach o powierzchni większej niż 1 ha dodaje się po jednym punkcie więcej na każdy następny hektar. Przykładowo dla pola o powierzchni 2 ha należy wykopać 5 dołów + 1 dół = 6 dołów.
Lustrację roślin przeprowadza się w celu wykrycia, np.: stadiów rozwojowych chrząszczy czy nalotu form uskrzydlonych mszyc na rośliny uprawne oraz porażenia roślin przez choroby. Na polu wielkości do 1 ha lustracje się rośliny w pięciu losowo wybranych punktach (minimum 25 roślin), rośliny rosnące na 1 metrze bieżącym rzędu lub 1 m2. Zasada monitorowania jest podobna jak w przypadku analizy glebowej czyli na każdy kolejny hektar dodajemy po jednym punkcie kontroli. W przypadku lustracji szkodników oblicza się liczbę owadów przypadających na 25 roślin (lub więcej roślin), na metrze bieżącym lub 1 m2 pola. W przypadku chorób, porażenie powodowane przez patogeny wyraża się procentem porażonych roślin lub ich organów.
Niezastąpionym narzędziem sygnalizatora agrofagów jest lupa, która pomaga przy identyfikacji organizmów szkodliwych bezpośrednio na polu uprawnym. Przydatnym urządzeniem do bardziej precyzyjnego określana objawów powodowanych przez patogeny chorobotwórcze są małe przenośne mikroskopy i binokular.
Do monitorowania szkodników wykorzystywane są różnego rodzaju pułapki takie jak żółte naczynia, żółte tablice lepowe, samołówki świetlne, pułapki feromonowe, czerpak entomologiczny, aspirator Johnsona.